海运承运人联盟的流动性使集装箱多式联运在海运码头的交接过程变得更加复杂，同时也对码头运营商在堆场内铁路运输和内陆铁路枢纽的物流技术提出了挑战。
Griffin Creek咨询公司总经理兼董事长、运输业资深人士Ed Zaninelli表示，航运联盟将会对行业运营带来更大的挑战，但码头运营商应当能够应对这一挑战。他表示：“这对物流业而言是一种挑战，而非梦魇。”
码头运营商正在经历的改变是从海边开始的，码头被迫提升其船岸起重机高度，以便能够装卸船上10层高的集装箱。由于同一艘船卸到码头的集装箱可能属于同一联盟的六家以上的海运公司，集装箱联运转运的随机性增加。Zaninelli表示，铁路堆场与收货人仓库分布距离很远，增加了内陆目的地的复杂性和成本。
码头运营商，尤其是在西海岸，是亚洲到美国内陆目的地供应链中必不可少的组成环节。通过在码头边建设铁路转运设施，码头运营商将来自亚洲的集装箱直接装运到联运火车上，快速运达美国东部人口众多的城市。从西海岸经火车联运抵达上述目的地比走全水路运输集装箱到东海岸港口可以节省托运人10天至两周多时间。
在共用舱位协议出现以前，从船舶到内陆目的地是多式联运供应链中完整的一个环节。由一家海运公司运营的船舶只运输该公司控制的集装箱。在洛杉矶长滩，每家海运公司往往在13个集装箱码头中的一座码头拥有财务权益。
这就产生了关键的货量，每一艘船舶卸下的集装箱可以装满一列或几列单元列车，运往主要内陆目的地，如芝加哥、达拉斯、亚特兰大与俄亥俄河谷。运往孟菲斯和堪萨斯城等二级目的地的集装箱用卡车运到码头外铁路堆场，并在这里汇集集装箱，组建单元列车。
在过去的几年里，承运人组建联盟的主要目的是为了降低成本。联盟允许每个海运公司作为单独营运商开通更多的航线，而只需为联盟提供少量成本昂贵的船舶。
这一安排有利于承运人，却使得码头运营变得更加复杂，因为每个海运公司的集装箱都必须单独堆放在一起。SSA海运首席运营官Ed DeNike表示，处理集装箱进口已经是海运码头最复杂的操作了。他说，要将集装箱根据海运公司分开堆放让处理进口集装箱变得更加困难。
DeNike表示，海运公司还与西部一级铁路签有单独的联运合同，现在多家海运公司的集装箱在同一个码头进行处理，签有多份运输合同，增加了业务安排的复杂程度。
由于一些海运公司仍然在一些海运码头拥有财务权益，联盟成员可能安排该海运公司运营的船舶在其姊妹码头停靠，而安排同一航线其他海运公司的船舶在联盟合作伙伴的附属码头停靠。这导致联运集装箱每周卸在不同的码头，可能会有时在长滩，有时在洛杉矶。
根据内陆铁路堆场的位置，这种情况也有可能导致接收方的混乱。Zaninelli表示，达拉斯沃斯堡就是一个比较复杂的联运目的地，因为联合太平洋铁路与BNSF铁路堆场相距只有65英里。由于托运人经常将其配送中心设立在铁路运营的铁路堆场附近，海运公司在服务合同中已经指定了运输铁路，联盟运输会增加往返铁路堆场的路程。
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